Çelebi Sultan Mehmed devrinin en önemli hâdiselerinden birisi, Şeyh Bedreddin Mahmud ve taraftarlarının çıkardıkları isyandır. Şeyh Bedreddin, gerek memleket içinde, gerekse Kahire, Sam, Haleb gibi İslâm âleminin en namlı kültür merkezlerinde uzun zaman dolaşıp; ciddi ve parlak bir tahsilden sonra Hüseyin b. Ahlatî isminde bir zata intisap ederek şeyhlik sıfatı almış olmasına rağmen, memleketin siyasî ve sosyal bünyesine vurmayı tasarladığı darbeyi vurabilecek yıkıcı bir zekaya sahipti. O, ilim ve irfan üstatlarının eğitim ve terbiye nizamlarını kırarak, yerleşmiş ve sağlam sistemleri ezip geçecek kadar sakat bir yol seçmişti. Bilgi bakımından zamanının ileri gelenlerindendi. Onun bu özelliği daha önce temas edildiği gibi hayatini kurtarmış ve kendisine sürgün yerinde bile maaş bağlanmasına sebep olmuştu. Gerçekten Şeyh Bedreddin Mahmud, hem zahirî, hem de batinî ilimlerdeki vukuf ve ihatasıyla mümtaz ve müstesna bir mevki işgal etmişti. İslâm hukukunda zamanının imamı durumunda idi. Bu hususta "Câmiu'l-Fusûleyn" adli eseri, onun değerini ortaya koyma bakımından yeterlidir. Bu eserinden önce fıkha dair "Letâifu'l-îsârât" isimli eserini yazmıştı. Şeyh Bedreddin'in, "Kitâbu't-Teshil" adi ile kaleme aldığı eseri, "Letâifu'l-îsârât"in serhidir. Şeyh Bedreddin bu eserini Edirne'de kadı asker iken yazmaya başlamış, 818 Cemaziyelâhir'in yirmi yedinci şali günü (3 Eylül 1415) İznik'te ikamet ederken bitirmişti. Bedreddin'in bu eserleri ulemaca muteber kabul edilmişlerdir. Şeyh Bedreddin'in tasavvuf sahasındaki görüşlerini ortaya koyan eseri, Vâridat adini taşımaktadır. Şeyh Bedreddin'in bunlardan başka eserleri de vardır.
Ülkeye tek basına hâkim olduğu günden beri Şeyh Bedreddin'in hareketlerini dikkatle takib eden Çelebi Sultan Mehmet, şeyhin başlattığı dinî, siyasî ve içtimaî mahiyetteki ayaklanmayı bastırmaya muvaffak oldu.
Şeyh Bedreddin, Misir dönüsü Halem, Konya ve Tire'de dolaşmaya başladı. Daha sonra Edirne'ye gidip ana ve babasına kavuştu. Burada, iki seneden daha fazla bir süre, Osmanlı tahtını kardeşleri ile paylaşarak saltanat sürmekte olan Musa Çelebi'nin takdirlerini kazanarak kadıaskerliğe tayin edildi. Fakat Çelebi Sultan Mehmet'in kardeşlerine galip gelmesi üzerine mevkiini kayb ederek İznik'e gönderildi. Göz hapsinde bulunmasına rağmen Şeyh Bedreddin burada rahat durmuyor, gizlice adamlarını yetiştiriyordu. Bu dönemde Bedreddin'e, hareketlerinin sorumluluğunu yüklenecek ve kendisine yol açacak bir âlet lazımdı. Bu gaye ile Bedreddin, İzmir körfezinin güney ucunda ve Sakız adasının karsısında Karaburun'da (Çeşme) (o zamanki adi ile Stylaryus daği) üzerinde doğmuş, aşağı tabakadan birini seçti. Bedreddin bu adamda, kendi görüşlerini açıklayabilecek enerji ve heyecanı bulduğundan onu kendine kethüda, vekil ve dinî temsilci olarak seçti. Börklüce Mustafa denilen bu hızlı fanatik, derhal kendini baba ve ruhanî reis ilân etti. Bundan dolayı da taraftarları ona Dede Sultan adini verdiler. Bedreddin'e Torlak Kemal denilen bir Yahudi de yardim etti. Bu Yahudi, o zamanlarda Bedreddin'in görüşlerini yaymaya çalışan dervişlerin basına geçti. Onun görüşlerinin temeli, eşitlik ve faka gibi insana cazip gelen sloganlara dayanıyordu. Buna göre kadınlar hariç olmak üzere her şeyde ortaklık vardı. Bu meczuplar söyle diyorlardı:
"Ben, senin evinde kendi evim gibi otururum. Sen de benim elbiselerimi giyer, silahlarımı, arabalarını kullanırsın. Sadece kadınlar müstesnadır."
Bu safhada Börklüce Mustafa, Aydın, Yahudi Torlak Kemal de Manisa taraflarında Rafızî Bâtinî bir Şia'nın tehlikeli hürriyeti ile faaliyetlerine başladılar. Bunlar, Şeriat çerçevesi içine alinmiş ahlâk değerlerini hiçe sayarak beser zaaflarına geniş müsaadeler tanımak, bir taraftan da ferdî mülkiyeti, din farkını ve evlilik müessesesi gibi kanunun teminatı altına alinmiş sosyal barajları da asıp cemiyete yeni bir nizam tanımak yoluna koyuldular.
Aydın ve Karaburun'da etrafına binlerce insan toplayan Börklüce Mustafa'nın muvaffakiyetleri, şeyhin İznik'te kalmasını tehlikeli bir duruma sokmuştu. Bunun için ailesini İznik'te bırakarak Sinop'taki İsfendiyar Beyi'nin yanına kaçtı. Gayesi, oradan Tatar iline geçmekti. İsfendiyar Bey, Çelebi Mehmed'den çekindiği için şeyhe müsaade etmedi. Bunun üzerine Şeyh Bedreddin, gizlice bir gemiye binerek Rumeli yakasına geçip Zagra'ya gider. Şeyhin, nüfuz dairesi burada gittikçe genişlemeye baslar. Şeyh, bir müddet sonra Zagra'dan Silistre'ye, oradan da Doğruca'ya geçer. Sonra da halkının çoğunluğu Şiî olan Deliorman'a yerleşir. Deliorman'dan her tarafa mektup ve adamlar göndererek büyük bir propaganda faaliyetine girişir. Asikpasazâde'nin ifadesine göre o söyle diyordu: "Bundan sonra padişahlık benimdir. Sancak isteyen gelsin, subaşçılık isteyen gelsin velhasıl her arzusu olan gelsin. Ben, halifeyim Mustafa (Börklüce) da benim hizmetkârımdır."
Bedreddin ile sırdaşlarının gizli amaçları, Avrupa ve Asya'da bir hükümet kurmak olduğundan Hıristiyanları ve özellikle Rumları elde etmek istiyorlardı. Bu gayelerine erişmek için de dervişlerin görüsüne göre Hıristiyanların, Allah'a ibadet ettiklerini inkâr edenlerin kâfir olduklarını ilân ve kendilerine katılmak için gelen Hıristiyanları gökten inen melekler gibi bereketli kabul ediyorlardı. Gerçekten de Börklüce, Dukas'in da dediği gibi gayr-i Müslimci bol olan Karaburun (Çeşme) havalisinde Türklerden ziyade Hıristiyan ve Yahudilere taviz vererek o suretle bu cemaatleri basına toplayabilmişti.
İslâm tarihindeki, Batinî Hasan Sabah hareketinin bir benzeri olarak karsımıza çıkan bu hadise, devletin temelini kökten sarsmaya yönelik bir hadise idi. Karaburun, Aydın ve Manisa çevresinde başlayan bu fesada hareketinden haberdar olan Çelebi Sultan Mehmed, gerekli tedbirleri almakta gecikmedi. Fakat başlangıçta bütün boyutları ile büyüklüğünün farkına varılamayan bu olay, Müslüman Türk kanına hayli pahalıya mal oldu.
Şiî karakterli olan bu isyanı bastırmak üzere harekete geçen Osmanlı hükümdarı, önce bölge beylerini bunların üzerine gönderecektir. Fakat bunların fazla bir varlık gösterememesi ve hatta maktul düşmeleri üzerine daha ciddi tedbirlerin alınması gerektiğine kanaat getirip Börklüce Mustafa ve Torlak Kemal ile târaftarlarını ortadan kaldıracaktır.
Anadolu'nun bu bölgesinde büyük bir tehlike olarak ortaya çıkan bu isyanı bastırmak üzere harekete geçen yeni Aydın Beyi Süleyman (Aleksandr) Bey'in maglub ve maktul düşmesi üzerine, Manisa Sancak Beyi Kara Timurtaş Ali Bey, asilerin üzerine yürümüş ise de muvaffak olamamıştı. Bunun üzerine Amasya sancak beyi ve henüz on iki yasında bulunan Şehzade Murad ile lalası Bayezid Pasa, âsileri büyük bir bozguna uğratıp Yahudi Torlak Kemal ile Börklüce Mustafa'yı öldürmüşlerdi. Öbür taraftan etrafına pek çok Hıristiyan ve Yahudici toplayan Şeyh Bedreddin, üzerine gönderilen kuvvetlere mukavemet edemeyerek teslim olmuş ve Serez'de bulunan Çelebi Sultan Mehmet'in yanına götürülmüstü. Mehmed Çelebi'nin emri ile kurulan bir ulema divanında durumu tespit edilip toplum nizamini bozmakla suçlanan Şeyh Bedreddin Mahmud, gayet âdilane cereyan eden bu muhakemede, Türk İslâm birliğine karsı giriştiği bozguncu hareketin Zararını kabul etti. Devrin en seçkin âlimlerinden müteşekkil bir mahkemenin karsısında suçunu kabul eden Şeyh Bedreddin için, Saadeddin Teftazanî'nin talebelerinden olan Heratlı Mevlânâ Haydar Acemî'nin verdiği "Mali haram, kani helâl" fetvası üzerine 1420 yılında Serez pazarında idam edilmişti.
Dinî vecibelerin kalkması, kanunların bozulması, haramların helal kılınması, bazı kimseler için göz boyayan hös müsaadelerdi. Fakat bunların hepsinden cazip olanı şüphesiz ki memleketin muayyen bir zümre arasında taksim edildi.
Gerçekten, sayıları binleri bulan, müride ve dervişler üzerinde şeyhin nüfuzu o derece kuvvetli idi ki, bu adamlar, Allah birdir dedikten sonra peygamberliği sadece şeyhlerine lâyık görüyorlardı. Şeyhe ve halifelerine uyanlar arasında Türklerden çok Yahudi ve Hıristiyanlar görülüyordu ki, bu da onların bol huzur ve kolayca servet temini gibi vaatleri çok cazibe bulmalarından ileri geliyordu. Börklüce Mustafa ve Torlak Kemal gibi propagandacılar, şeyhten aldıkları ilham ve hızla, kısa bir zamanda binlerce kişiyi ayaklandırmaya muvaffak olmuşlardı. Tarihî seyri ve neticesi ne olursa olsun, her kaynaşma ve ayaklanmada mühim olan birer figüran rolündeki yığınların çıkardığı gürültü değil, bu yığınların gizli veya aşikâr istek, izdi rap ve zaaflarını sezip bunları şahıs ve zümre menfaatleri adına kullanmasını bilen anarşi merkezlerinin gayesidir. Bu belirli ihtiraslar etrafında merkezlesen gayeler ise, sosyal şartların ve siyasî buhranların halk için sıkıntılar ortaya çıkardığı devirlerde meydana gelen hoşnudsuz ruh haletinden faydalanırlar. Nasıl ki, Babaî isyanları Selçuklu inkırazının ortaya çıkardığı sosyal bir çalkantının sonucu ise, Bedreddin Mahmud da sahne olarak ayni coğrafya parçasını seçip on yıldan fazla süren şehzadeler mücadelesinin doğurduğu siyasî ve içtimaî huzursuzluktan faydalanmasını bilmiştir.
Büyük bir mücadele ve gayret sonucu, iç yaraları sarıp memleket bünyesinin sağlığını iade eden Çelebi Sultan Mehmet'in bu vatana en büyük hediyesi, İkinci Sultan Murad gibi hükümdar namzedi bir şehzade yetiştirip bırakmasıdır.