Xanbudaqov Eyyub Şirin oğlu 1893-cü ildə Gəncə şəhərində bəy ailəsində anadan olmuş və ibtidai təhsilini orada almışdır.
Bakı Dənizçilik məktəbini bitirdikdən sonra mülki gəmidə qulluq etmişdir. 1920-ci il oktyabr ayının 19-dan 1921-ci il fevral ayının 19-na qədər Azərbaycan Fövqəladə Komissiyasının sədri olmuşdur.
1921-ci ildə Nəriman Nərimanovun təqdimatı ilə Azərbaycan Kommunist Partiyasının Mərkəzi Komitəsinin ikinci katibi seçilmişdir. Moskvada Akademiyada təhsilini başa vurduqdan sonra, ZSFSR-ə göndərilən E.Xanbudaqov 1936-cı ilə qədər burada Xalq Yüngül Sənaye Komissarının müavini, Xalq Daxili Ticarət Komissarı işləmişdir.
1936-cı ildə ZSFSR ləğvindən sonra Azərittifaqın rəyasət heyəti sədrinin 1-ci müavini vəzifəsində işləyən E.Xanbudaqov, 1936-cı il dekabrın 19-da millətçilikdə ittiham edilərək Xalq Daxili İşlər Komissarlığı tərəfindən həbs olunmuşdur.
1937-ci ilin 23 iyul tarixində SSRİ XDİK-nın xüsusi iclasında 5 il azadlıqdan məhrum edilən E.Xanbudaqov SSRİ Ali Məhkəməsinin hərbi kollegiyasının səyyar iclasının 12 oktyabr 1937-ci il tarixli qərarı ilə ölüm hökmünə məhkum edilmişdir.
SSRİ Ali Məhkəməsinin 1957-ci il 26 dekabr tarixli qərarına əsasən E.Xanbudaqova bəraət verilmişdir.