1933 yılında Ahlatlıbel’ deki kazıların yapılma emrini vermiştir. Burada arkeologlara bulguların ortaya çıktığı yeri gösterip burayı kazın demiştir. Yani bir arkeolog gibi yer belirlemesi yapmıştır. Atatürk’ e göre yurdun sahibi olmak onu tanımakla mümkündür, bunun yolu da arkeolojiden geçer. Arkeolojik kazı alanlarını tespit etmesine bir başka örnek ise İznik’te yaşanmıştır.
15 Temmuz 1936’ da Yalova’ dan Bursa’ ya geçerken İznik’ e uğrayan Atatürk’ ün yanında Celal Bayar, Afet İnan ve bazı arkadaşları bulunuyordu. İznik’ i gezmek için Atatürk ‘ten izin alan Afet Hanım’a Atatürk :
“ Hay hay gidebilirsiniz fakat asıl İznik’ i göremeyeceksiniz. Çünkü o toprağın altındadır ” der.
Atatürk çevresindekilere sorar : “ İznik kaç kapılıdır ? ”
Bir İznikli cevap verir : “ ! Üç kapısı vardır efendim. Bulunduğumuz yerin doğusundaki kapı, kuzeyindeki yeni şehir kapısı, güneyindeki İstanbul kapısıdır. ”
Atatürk’ ün “ Peki batı kapısı nerede ? ” diye sorması üzerine İznikli şahıs öyle bir kapıyı bilmediklerini söyler. Konu böylece kapanır. Aradan yıllar geçer yıllar sonra biriken suları İznik Gölü’ne akıtmak için uğraşan işçiler suların kendiliğinden bir boşluk bularak aktığını görürler. Kazarlar ve toprağın altından tam teşkilatlı bir kurşun kapı ortaya çıkar. İşte bu kapı Atatürk’ün bahsettiği kapıdır.
Bu aynı zamanda büyük bir sezgi gücüne de sahip olan Atatürk' ün okuduklarını doğru yorumlama gücünü de gösterir.
1935 yılında Alacahöyük kazılarını da Atatürk başlatır hatta kazının ilk yılının masraflarını da kendi cebinden öder.